Od 1990 r. na budowie pracują parafianie wyznaczani do pracy z poszczególnych bloków osiedla Kombatantów i Niepodległości oraz przyległych ulic. Księża z naszej parafii przestają obsługiwać szpital - kapelanem szpitala zostaje ks. Stanisław Zagórski. Nauka religii powraca do szkoły, księża uczą dzieci w szkole Nr 10 oraz w przedszkolach. Strop, dach oraz ocieplenie kościoła, to główne prace w 1991 r.

Kolejny rok niesie wiele zmian w parafii. W dniu 8 marca 1992 r. umiera Ks. proboszcz Antoni Ślusarczyk, który przez ostatnie 10 lat był całkowicie oddany wspólnocie parafialnej i budowie nowej świątyni. Nowym proboszczem zostaje Ks. Andrzej Surowiec ze Stalowej Woli. Kanoniczne objęcie parafii i uroczyste wprowadzenie w obowiązki następuje 29 marca tegoż roku. W kwietniu przeprowadzane są remonty w funkcjonującym kościele, w kuchni, na plebanii, białkowanie wnętrz, wykonywane są nowe instalacje elektryczne. Kontynuowane są także prace na budowie nowego kościoła. Za sugestią Rady Parafialnej obowiązki gospodyni obejmuje p. Stanisława Dzierża, zaś kierownikiem budowy zostaje p. Jan Nalepa. Powstają też nowe wspólnoty: schola, oazy dziecięca i młodzieżowa, nowe grupy ministrantów, zostaje odnowiony skład Rady Parafialnej.  W październiku w podziemiach nowego kościoła oddane są do użytku pierwsze sale, w których prowadzone są tanie kursy języka angielskiego.

Z dniem 1 stycznia 1993 r. - Dekretem Abp Metropolity Przemyskiego - zostają przyłączone do naszej parafii osiedla: 1000-lecia i Słoneczne. W związku z powiększeniem się liczby parafian z trzech do pięciu tysięcy zostaje wprowadzona dodatkowa Msza św. w niedzielę o godz. 16.00.

Proboszcz Parafii Ks. Andrzej Surowiec prowadzi prace wg opracowanego planu równolegle na dwóch kondygnacjach kościoła, starając się przede wszystkim wykończyć zaplecze dla powstawania nowych wspólnot. W jednej z sal pod nowym kościołem powstaje biblioteka. Kilkanaście pań społecznie kataloguje książki, aby później pracować w niej w ramach wolontariatu. Z czasem gromadzi się w niej kilkutysięczny zbiór woluminów. Obecnie skomputeryzowana, służy nie tylko parafianom, ale i mieszkańcom miasta.

W czerwcu 1993 r. osoby pracujące w bibliotece zakładają kolejną grupę pod nazwą Wspólnota Biblioteki.  W tym samym czasie wokół kościoła i na skarpie posadzono dużą ilość drzewek i krzewów ozdobnych. W parafii powstają dziecięce róże różańcowe.
W 1993 r. na budowie wykonano m.in.: instalację elektryczną i radiofoniczną, przyłączenie wody i instalacji wewnątrz budynku, przyłączenie instalacji deszczowej do kanalizacji miejskiej, oszklenie 3 sal katechetycznych, osadzenie drzwi żelaznych, założenie izolacji, ocieplenie i wylanie posadzki na całym dole kościoła, wytynkowanie podziemi, wymurowanie zaplecza sanitarnego, ocieplenie stropów nad wejściami. Podziemia wyposażono w lampy i sprzęt.

W roku 1994 rozpoczyna swoją działalność zespół instrumentalno-wokalny "Pro Life" oraz Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży, jako kolejne wspólnoty działające przy parafii Chrystusa Króla. Na budowie nadal trwają prace budowlane: stolarskie, blacharskie, ślusarskie, szklenie kościoła, malowanie ram, słupów. We wszystkich salach pod nowym kościołem zainstalowany zostaje elektroniczny system alarmowy, posuwają się prace tynkarskie. W październiku wykonane są pierwsze stacje Drogi Krzyżowej. Kompletowanie stacji trwało 3 lata, a wszystkie zostały ufundowane przez osoby prywatne lub instytucje.

W listopadzie trwają zapisy do Apostolskiego Dzieła Pomocy Duszom Czyśćcowym. Prowadzone są lekcje języka niemieckiego i angielskiego dla dzieci i młodzieży. Podczas rekolekcji parafialnych następuje intronizacja Pisma św. i promocja Karty Praw Rodziny.

W grudniu rozpoczynają się prace przy centralnym ogrzewaniu budynku nowego kościoła, które firma ze Stalowej Woli kończy w styczniu 1995 r. W tym samym miesiącu zostaje przywieziony z Czech marmur, firma specjalistyczna układa kamień na ścianach wewnątrz kościoła. Na budowie zatrudnionych jest 10-ciu pracowników, prowadzone są prace ślusarskie i stolarskie. W marcu pojawiają się dwie kolejne stacje Drogi Krzyżowej. Przy kościele posadzono żywopłot i wiele krzewów ozdobnych.

W sierpniu zostaje otwarta siłownia w podziemiach nowego kościoła, wyposażona w nowoczesny sprzęt do ćwiczeń, która ma służyć młodzieży i dorosłym w utrzymaniu sprawności fizycznej. Ze względu na chorobę zmienia się osoba na stanowisku kościelnego.
Po wakacjach w parafii pracuje 3 księży wikariuszy, co pozwala na objęcie wszystkich dzieci pełnym wymiarem katechizacji oraz systematycznym prowadzeniem Oazy Dzieci Bożych oraz Oazy młodzieżowej.  Zostają zakończone prace przy uszczelnianiu dachu nowego kościoła, wyniesiono wszystkie stemple z wnętrza budynku, rozpoczęły się intensywne prace wykończeniowe.

W styczniu 1996 r. nasza parafia jest współorganizatorem I Ogólnopolskiego Festiwalu Kolęd i Pastorałek w Jarosławiu. Parafianie licznie uczestniczą w uroczystości nawiedzenia figury MB Fatimskiej, podejmują zobowiązania modlitewne w intencji parafii. Trwają przygotowania do powołania Akcji Katolickiej - zebranie założycielskie odbywa się 13 czerwca, systematycznie pracuje zespół synodalny. Kilka krawcowych wykonuje nowe ornaty, stuły i kołnierzyki ministranckie.  Na budowie trwają prace w prezbiterium: zainstalowano podłogowe ogrzewanie, wykonano 20 szt. drzwi, ułożono marmurową posadzkę w prezbiterium i zakrystii, przełożono wodociąg, wykonano schody w kościele i przed kościołem, kanalizację wzdłuż budynku, wybudowano fundamenty pod plebanię i dzwonnicę, ocieplono dach wełną mineralną i pokryto abizolem, wymieniono kilka arkuszy blachy oraz zainstalowano 30 kominów wentylacyjnych, pomalowano cały kościół. Codziennie na budowie pracuje ok. 30 osób. W parafii jest już 10 stacji Drogi Krzyżowej, wiszą tymczasowo w hollu nowego budynku, są dostępne dla zwiedzających.  Oprócz prac budowlanych, trwa równocześnie praca duszpasterska. Uroczyście obchodzona jest 15-ta rocznica powstania parafii, organizowane są pielgrzymki różnych wspólnot do Kalwarii Pacławskiej, Miejsca Piastowego, innych sanktuariów. Młodzież i dzieci systematycznie uczestniczą w rekolekcjach formacyjnych, biorą udział w imprezach sportowych /turnieje ministrantów itp./, w ramach wymiany polsko-niemieckiej jeżdżą do Niemiec i goszczą młodzież niemiecką u siebie.

W Seminarium Duchownym uczy się kleryk Daniel Trojnar pochodzący z naszej parafii. Swoje spotkania formacyjne mają również wspólnoty dorosłych.  Obfity w wydarzenia parafialne jest również rok 1997. W styczniu zostają zarejestrowane kolejne wspólnoty działające przy parafii: Stowarzyszenie "Rodzina Kolpinga" - organizacja o charakterze charytatywno-społecznym oraz Stowarzyszenie Rodzin Katolickich. Tradycyjnie już przez cały styczeń trwają spotkania opłatkowe poszczególnych wspólnot. Koncertem kolęd i pastorałek rozpoczyna swoją działalność w parafii kolejny zespół wokalno-muzyczny "Disertus". Od lutego każda z 31 działających w parafii wspólnot ma swoją mszę św. w stały dzień każdego miesiąca. Na budowie wykonano ogrodzenie placu kościelnego, wybudowano energooszczędną kotłownię gazową do ogrzewania kościoła, zakupiono i położono granitową posadzkę, rozpoczęto prace przy parkingu wokół kościoła.

Z okazji V pielgrzymki Ojca św. do Polski zostaje wydany kolorowy album zatytułowany "Droga Krzyżowa" ze zdjęciami stacji drogi krzyżowej wykonanej dla kościoła Chrystusa Króla przez artystów z Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie Adama Brinckena i Macieja Zychowicza. Ks. Proboszcz A. Surowiec wręcza album Ojcu św. podczas pielgrzymki w Krośnie. W maju stacje Drogi Krzyżowej jadą na wystawę do Krakowa; prawie dwa miesiące są oglądane w galerii "Krypta u Pijarów". Tam odbywa się również promocja albumu "Droga Krzyżowa".

Stowarzyszenie "Rodzina Kolpinga" przejmuje w dzierżawę były ośrodek kolonijny w Heluszu w gm. Roźwienica, by tam po remoncie i modernizacji otworzyć całoroczny Dom Spotkań i Formacji dla różnych wspólnot. Ośrodek ma służyć celom religijnym, kulturalnym, charytatywnym i sportowym. W podziemiach nowego kościoła zostaje otwarta nowoczesna sala komputerowa, w której organizowane są kursy komputerowe m.in. dla dzieci i młodzieży.

We wrześniu parafia i Urząd Miasta są głównymi organizatorami zbiórki na rzecz powodzian z woj. rzeszowskiego. Całotygodniowa akcja kończy się koncertem charytatywnym na stadionie szkolnym w Jarosławiu, podczas którego rozlosowano cenne nagrody wśród uczestników zbiórki.

W październiku organizowana jest pierwsza piesza pielgrzymka parafian do sanktuarium w Jodłówce. Od tego czasu każdego roku w jesieni parafianie wędrują do MB Pocieszenia, aby prosić o potrzebne łaski.

W grudniu specjalnym dekretem J.E. Ks. Abp J. Michalik powołał w naszej parafii Parafialny Oddział Akcji Katolickiej. W 1998 r. prace na budowie kontynuuje 14-stu stałych pracowników, oprócz nich społecznie pracują elektrycy, stolarze, pomocnicy. Etapami układane są rurki grzewcze, następnie zalewane betonem plastycznym, a na nim kładziona posadzka granitowa. Ołtarz główny projektują ci sami artyści, którzy wcześnie zaprojektowali stacje drogi krzyżowej. Wystawiona zostaje makieta ołtarza; jego wykonanie będzie trwało 8 miesięcy.
Zgromadzono kilkadziesiąt odznaczeń wojskowych i cywilnych, które będą umieszczone jako wota przy obrazie MB Częstochowskiej. Jego wierną kopię zamówiono w klasztorze na Jasnej Górze. W lutym odbywa się w Hali Sportowej MOSiR I halowy turniej piłki nożnej o puchar Bł. Kolpinga. Uczestniczą w nim ministranci z Jarosławia i okolic. Rekolekcje parafialne prowadzi duszpasterz z Belgii ks. Krzysztof Pastuszak oraz Marszałek Senatu prof. Alicja Grześkowiak.
W związku z zabezpieczeniem skarpy wokół kościoła zasadzono 4.700 szt. drzewek liściastych i 2.500 świerków.

Wspólnoty parafialne organizują majówkę w Heluszu. Piknik dla rodzin - koncerty, zabawy, wspólny posiłek sprawiają, że wszyscy bawią się wspaniale. Następny piknik "Rodzina rodzinie" odbywa się w lipcu razem z osobami niepełnosprawnymi i pensjonariuszami z domów opieki.  W podziemiach nowego kościoła sala rycerska zostaje przyozdobiona w trofea myśliwskie, natomiast przy wejściu głównym zamontowano pamiątkową tablicę w 54 rocznicę bitwy pod Monte Casino /inicjatywa środowiska kombatantów/. Firma czeska zakończyła układanie posadzki w kościele, trwają prace przy poszczególnych elementach ołtarza, rozpoczęto malowanie i złocenie jego fragmentów, jak również wykonywanie konfesjonałów.

W sierpniu z inicjatywy Ks. Proboszcza odbywa się zebranie założycielskie Stowarzyszenia pn. Parafialny Klub Sportowy Kolping - Jarosław, jako kolejna cenna inicjatywa, której celem jest upowszechnianie sportu wśród dzieci i młodzieży. Klub działa w pięciu sekcjach: tenis stołowy, turystyka rowerowa, kolarstwo, kajakarstwo, strzelectwo i upowszechnianie sportu. Klub przejmuje budynek przystani nad Sanem, porządkuje teren i zagospodarowuje część zrujnowanego budynku. Są tam organizowane turnieje, ogniska, spływy, rajdy.

Z dniem ostatniego sierpnia 1998 r. rozpoczyna się rok przygotowań parafii przed poświęceniem nowej świątyni, rok trudny i bardzo pracowity, wymagający wielu poświęceń i mobilizacji zarówno materialnej jak i duchowej. Do strony materialnej należy m.in.: budowa ołtarza /nastawa i stół ofiarny/, obłożenie słupów, wykonanie oświetlenia i nagłośnienia, malowanie elementów metalowych, wykonanie konfesjonałów i ławek, witraży, tynków, elewacji z kamienia, otynkowanie kaplicy, zakończenie prac na parkingu, wykonanie dzwonnicy. Od strony duchowej: III piesza pielgrzymka pokutna do Jodłówki, cykl kazań na temat nowej wizji parafii, konferencje duchowe i stanowe przed odpustem, wizytacja Ks. Arcybiskupa, nawiedzenie w listopadzie obrazu MB Hetmanki Żołnierza Polskiego i misje parafialne, specjalne przygotowania duchowe poszczególnych wspólnot, odnowienie misji w roku poświęcenia świątyni. Tak nadszedł rok 1999.
W styczniu rozpoczyna się montaż ołtarza w pozycji pionowej. Trwają prace wykończeniowe wewnątrz kościoła. Rozpoczęto wykonywanie bocznego ołtarza. Zostanie tam umieszczona wierna kopia cudownego obrazu MB Częstochowskiej, poświęcona przez Prymasa Polski Ks. Kard. J.Glempa. Odnowiono kielichy ze złota ofiarowanego przez parafian. W pierwsze czwartki miesiąca odbywają się adoracje Najświętszego Sakramentu w intencji kapłanów, w Wielkim Poście drogę krzyżową w terenie prowadzą poszczególne wspólnoty, powstają nowe róże różańcowe żeńskie, męskie i dziecięce. Organizowane są w parafii kursy języka niemieckiego, gitarowy, prawa jazdy. PKS Kolping organizuje turnieje piłki nożnej dla ministrantów z miasta i okolic, sekcja tenisa stołowego działająca w klubie wchodzi w kwietniu do II ligi, wygrywając wszystkie mecze w sezonie.

Pod koniec kwietnia w naszej parafii przebywają relikwie św. Jana z Dukli. Do Seminarium Duchownego przyjęto dwóch naszych parafian: Tomasza Brodowicza i Ireneusza Drewniaka.  Odchodzi z plebanii dotychczasowa gospodyni ze względu na kłopoty zdrowotne. Na emeryturę odchodzi dotychczasowy organista p. Bronisław Świtała, a jego obowiązki przejmuje nowy organista.

Trzeci, już docelowy kościół zostanie poświęcony jako pomnik - wotum parafii i diecezji z okazji 2000-lecia wiary chrześcijańskiej. Bardzo nowoczesny i oryginalny projekt architektury kościoła, plebanii i dzwonnicy wykonali Ewa i Jacek Gyurkovich z Politechniki Krakowskiej. Architektura wnętrza świątyni wyraźnie nawiązuje do kresowego położenia miasta Jarosławia i łączy elementy architektury wschodu i zachodu naszego kontynentu. Natomiast wystrój wnętrza jest dziełem Adama Brinckena i Macieja Zychowicza z Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Na szczególną uwagę we wnętrzu kościoła zasługuje główna nastawa ołtarzowa, witraże i 14 stacji Drogi Krzyżowej postrzegane jako arcydzieło współczesnej sztuki sakralnej.  Podziemia nowego kościoła są zagospodarowane zarówno na działalność religijną, jak i kulturalną i sportową. Do dyspozycji dzieci, młodzieży oraz wspólnot parafialnych są: sala myśliwsko-rycerska, biblioteka, studio muzyczne, sala komputerowa, sala spotkań oraz siłownia.

W dniu 10 listopada 1999 roku parafialna pielgrzymka pod przewodnictwem Ks. Proboszcza A. Surowca przywozi z Częstochowy obraz Czarnej Madonny, który uroczyście zostaje przeniesiony wraz z Najświętszym Sakramentem ze starego do nowego kościoła.
Rozpoczynają się misje św. głoszone przez Ks. Prałata Michała Józefczyka i Ks. Franciszka Bogunia. Podczas misji trwających do 17 listopada poświęcono sztandary wspólnot parafialnych, tj. Akcji Katolickiej, Stowarzyszenia Rodzin Katolickich, Stowarzyszenia Rodzina Kolpinga oraz Parafialnego Klubu Sportowego, odprawiono nabożeństwo przebłagalne za grzechy parafian, nabożeństwo dziękczynienia za łaskę budowy kościoła, odnowiono przyrzeczenia chrzcielne. Na zakończenie misji, po procesji w terenie postawiono duży krzyż misyjny przed nowym kościołem.
Nowa świątynia spełnia wymogi, by mogła być konsekrowana, a wierni przygotowani do wydarzenia, które zdarza się tylko raz w historii parafii. 20 listopada odbywa się uroczystość poświęcenia kościoła. Rozpoczyna ją Msza św., której przewodniczy Wice-przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski Metropolita Przemyski J. E. Ks. Abp Józef Michalik, ubrany w specjalny jubileuszowy ornat - dar wszystkich wspólnot. W koncelebrze udział biorą: Bp Stefan Moskwa, Ks. Infułat Stanisław Zygarowicz oraz liczni zaproszeni księża, którzy wystąpili w nowych, pięknie haftowanych ornatach, a służba liturgiczna (ministranci i lektorzy) - również w nowych uroczystych strojach. W homilii wygłoszonej do wiernych arcybiskup podkreślił, że poświęcony kościół, pomnik - wotum za 2000 lat chrześcijaństwa, niech stanie się dla współcześnie żyjących wyrazem troski, a jednocześnie przypomnieniem, by całe swe życie zapisywać dziełami trwałymi, nieprzemijającymi. Niech będzie to także symbol, który przyczyni się do umocnienia wiary, konieczny u progu trzeciego tysiąclecia. Jednym z bardzo ważnych momentów konsekracji kościoła jest namaszczenie ołtarza oraz poświęcenie czterech narożników świątyni /tzw. poświęcenie zacheuszków/. W dokumencie poświęcenia kościoła parafialnego wydanym przez Metropolitę Przemyskiego czytamy m.in.: Kościół został wzniesiony i wyposażony wysiłkiem miejscowej społeczności oraz licznych dobroczyńców, pod kierunkiem Księdza Proboszcza Andrzeja Surowca. Niech ten Dom Boży służy uświęceniu budowniczych kościoła oraz przyszłych pokoleń w nowym Tysiącleciu.  Kościół jest wypełniony po brzegi. W uroczystościach uczestniczą przedstawiciele rządu, centralnych urzędów, województwa, powiatu i miasta, a także goście z zagranicy. Na zakończenie eucharystii doradca Prezesa Rady
Ministrów odczytuje przesłanie Premiera. Odczytane są również listy gratulacyjne od Marszałków Sejmu i Senatu. Uroczystości związane z poświęceniem kościoła stają się początkiem obchodów w Jarosławiu Roku 2000. Po południu w nowym kościele odbywa się Wielki Koncert Pojednania i Pokoju pod patronatem Prezesa Rady Ministrów RP Jerzego Buzka. Uczestnicy wysłuchują słynnego utworu Friedricha Handla pt. Mesjasz w wykonaniu Poznańskich Słowików i orkiestry "Sinfonia Varsovia" pod dyrekcją Stefana Stuligrosza. Koncert prowadzi spikerka TVP 2 Jolanta Fajkowska. W przerwie koncertu zgromadzeni uczestniczą w odsłonięciu popiersi dwóch wielkich Polaków: Jana Pawła II oraz Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Wykład poświęcony tym postaciom wygłasza Rektor Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego ks. prof. Andrzej Szostek. Pierwszy dzień uroczystości kończy się pokazem sztucznych ogni.
W następny dzień odbywa się Msza św. odpustowa pod przewodnictwem misjonarza ks. Michała Józefczyka. Oprawa liturgiczna została przygotowana przez Zespół Artystyczny Wojska Polskiego, obecne jest całe dowództwo XIV Brygady Pancernej, gdyż kościół jest również kościołem garnizonowym, a Ks. Proboszcz kapelanem WP. Po południu porusza serca wszystkich koncert Dla Ciebie Polsko w wykonaniu Reprezentacyjnego Zespołu Wojska Polskiego; na zakończenie odpustu śpiewa zespół Ad Rem z Jarosławia.
W grudniu 1999 r. nasza parafia wydaje pamiątkowy album Jarosław 2000. Są w nim zdjęcia wszystkich kościołów, zakładów pracy, szkół średnich, ważniejszych instytucji i zabytków oraz zdjęcia z wnętrza nowego kościoła.
W noc narodzenia Jezusa Chrystusa 25 grudnia rozpoczął się dla chrześcijan Rok Święty. Rok Jubileuszowy wiąże się bowiem z pamiątką przyjścia na świat Syna Bożego i rozumiany jest od zawsze jako czas przebaczenia, pojednania z Bogiem i bliźnimi, czas oczyszczenia dusz, powrotu do Boga - źródła miłości i życia. Niestety, rok 1999 kończy się dla naszej parafii tragicznie. W dniu 31 grudnia ginie w wypadku samochodowym wikariusz ks. Mariusz Miśko i dwie animatorki z Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży. Uroczyste pożegnanie i eksporta księdza mają miejsce w parafii Chrystusa Króla 3.01.2000 r., obrzędom pogrzebowym przewodniczy J.E. Ks. Bp Stefan Moskwa. Następnie ciało księdza zostaje przewiezione do jego rodzinnej miejscowości Rudenka. Uroczysty pogrzeb dwóch animatorek odbywa się 5.01.2000 r. na nowym cmentarzu w Jarosławiu.